かき混ぜた後は表面を平らにし、容器の周りについたぬかを拭き取るようにしましょう。

かき混ぜるときにベチャベチャしたり、表面のくぼみに水が溜まってきたりする状態だと、かき混ぜていても空気が全体に入りにくくなって悪い菌が生えやすくなります。
そういう場合は、「いりぬか１/２カップ」、「塩小さじ１」の割合で足しましょう。

床を増やさずに水分を減らしたい場合は、熱湯消毒した清潔な布巾で水分を吸い取ります。

野菜を全部取り出し、カラシ（粉でも練りでも良い）を大さじ１杯ほど加えるか、卵の殻（２〜３個分）の薄皮を取り除き、洗ってよく乾燥させたものを砕いて加え、よく混ぜるとよいでしょう。

カラシは菌の繁殖を抑える働きがあり、卵の殻はその成分であるカルシウムが酸っぱい原因の酸に作用して酸味を抑える働きをします。
塩分が薄いようなら、足したほうが発酵が抑えられます。また、３日くらいは野菜は漬けずに混ぜるだけにして床を休ませましょう。

また、カビは生えなくても、ぬか床が腐ったような臭いになる場合もあります。
こういう場合は、根気よく手入れを行い、防腐効果のあるカラシや唐辛子等を加えていくと持ち直してきます。
それでもカビが生えたり腐った臭いがなくならないようなら、残念ですが新しいぬかで作りなおします。